微生物组

微生物组学分析全流程（理论）

微生物组学分析的两个大类：扩增子和宏基因组，涉及概念、流程进行区别和简单介绍。

微生物组qimme2分析

导论 开始前，你需要了解QIIME 2的以下信息 必看： QIIME 2 官方论坛（非常有用哦） 使用该页面查看 QIIME 2 的 qzv 后缀可视化文件 QIIME 2 官方文档： 【中文参考】| 【中文参考2】 【英文原版】 https://docs.qiime2.org 官方文档会隔几个月更新一次，每个版本的更新内容在官方论坛里可以找到。 推荐一看的参考教程（中文版）： 单端数据：https://github.com/YongxinLiu/QIIME2ChineseManual 双端数据：https://mp.weixin.qq.com/s/p2Snx0v8Fh_BOY-z2vVUCg QIIME 2 安装教程：https://docs.qiime2.org/2022.2/install/ qiime2安装 # 更新conda减少问题 conda update conda # 下载wget conda install wget # 下载安装qiime2需要的安装包的目录（.yml格式） wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2022.2-py38-linux-conda.yml #根据官网下载最新 # 创建conda环境并安装 conda env create -n qiime2-2022.2 --file qiime2-2022.2-py38-linux-conda.yml # 激活环境 conda activate qiime2-2022.2 # 查看是否安装成功 qiime --help 1 前处理 1.拆分样品：为了降低成本，往往将多个样本混合后再一起测序，其中为了区别不同样本会在 DNA 分子中用实验方法嵌入一段人工合成的编码序列（barcode）。在拿到数据后首先需要将不同组的样品区分开。具体操作见其它中的[拆分样品](# 拆分样品) 2.质检与引物切除：送公司测序返还的数据一般都是拆分过并去除了引物的，可以自己再做一下质检，后续使用dada2分析时也会有碱基质量分布图，所以这步可以不做，自己质检（fastqc）的信息会比较全面。 3.数据导入：在QIIME2中进行分析，需要将数据转化为QIIME2对象（artifacts）。更多可参考：QIIME 2 参数 1）质检 # 公司的给的测序数据一般都是拆分过的，可将单端数据全部合并做质检，也可单独质检 # cat命令合并压缩过的文件会出错，合并之前需要先解压。 gunzip *.